Die Säule wurde in den Jahren 1819, 1849, 1874 und 1911 restauriert. 1945 beschädigten amerikanische Soldaten die Balustrade, als sie mit einem Panzer dagegen prallten. Restaurierung 1955 durch den Bildhauer Otto Zirnbauer. Zu einer weiteren Beschädigung kam es am 5. Oktober 1984, als zwischen dem Stadtturm und der Dreifaltigkeitssäule Dultstände aufgebaut waren. Als ein durchfahrender Betonlastzug ein Elektrokabel erfasste, das um den Kopf eines Engels geschlungen worden war, fiel dieser zu Boden und zerbrach.

Der Engel wurde vom Regensburger Dombaumeister Richard Triebe restauriert.
Da bei dem Unfall auch Teile der Balustrade beschädigt worden waren, wurde nachfolgend die gesamte Dreifaltigkeitssäule saniert.

Obwohl die Säule auf städtischem Grund steht, gehört sie zur Pfarrei St. Jakob. Der rote Adneter Marmor (eigentlich aus geologischer Sicht kein Marmor, sondern Kalkstein), aus dem das Bauwerk hauptsächlich geschaffen wurde, ist im Laufe der Jahre durch Verwitterung ausgeblichen. Einen Eindruck der früheren Leuchtkraft geben die in der Basilika St. Jakob befindlichen roten Marmorarbeiten.

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